순수하게 아버지를 만나고 싶은 마음만으로 마법의 세계로 향하는 네기 스프링필드 앞에 숙적 페이트 아벨룬크스가 나타난다. 패배한 네기는 페이트에 대항할 수 있는 힘 '어둠의 마법'(마기아 엘레베어)을 습득하고, 마법 세계의 비밀을 알게 된 네기 일행은 세계의 존폐를 건 싸움에 휘말리게 된다.