소피아의 왕실 학교 졸업식 날, 신비한 섬에 갖힌 사악한 크리스털 마법사 ‘프리즈마’가 감옥에서 탈출한다. 신비한 섬을 마법으로 봉인해버린 프리즈마는 에버엘름을 지배하기 위해 크리스탈 병사들을 이끌고 인챈시아를 침공한다. 인챈시아를 지키던 가족들과 친구들이 모두 프리즈마의 마법에 걸려 갇혀버리고 마는데, 소피아는 과연 혼자서 사악한 마법사를 물리치고 인챈시아, 그리고 에버엘름의 평화를 가져다줄 수 있을까?