최고 스타인 벅스의 그늘에 늘 가려져있던 대피. 이 오리는 영화사의 부당한 대우에 대항하여 영원히 회사를 떠나기로 결심했다... 라는 것은 대피의 개인적인 발언이고 실은, 워너 브러더스 의 코믹영화 담당이면서도 유머라곤 전혀 없는 부사장 케이트 휴튼(지나 엘프만)에게 해고당하게 된다. 갑자기 오갈 데 없는 신세가 된 대피는, 자신을 내쫓다가 덩달아 쫓겨나는 일용직 경비원이자 스턴트 배우 지망생인 디제이 드레이크(브랜든 프레이저)가 싫어하든 말든 그에게 들러붙기로 작심한다. 졸지에 한 팀이 된 이 둘은, 디제이의 아버지이자 유명 영화배우인 데미안 드레이크(티모시 달튼)가 실은 영화에서처럼 현실에서도 진짜 첩보원이라는 사실이 밝혀지면서, 상상도 못할 위험과 모험을 경험하게 된다. 데미안은 악덕 기업인 애크미사의 음모를 파헤치려다 애크미 주식회사 회장(스티브 마틴)에게 납치된 터. 애크미사의 음모란, 초자연적 힘을 가진 다이아몬드 '블루 몽키'를 손에 넣어 인류를 노예로 만드는 것이다. 애크미 사의 음모를 저지하고 블루 몽키를 찾기 위해서 디제이는 대피라는 혹을 단 채, 일단 라스베가스로 향한다. 한편, 정작 대피 덕을 쫓아내고 나니 벅스 바니의 상대역이 없어 영화를 찍을 수 없게 된 케이티. 대피 덕을 다시 컴백시키라는 영화사 회장의 지시를 받아 벅스 바니와 함께 이들을 뒤따라가고, 결국 자의반 타의반으로 디제이의 '스파이 임무'에 동참하게 된다. 루니 툰 스타들이 영화를 찍는 워너브러더스 스튜디오에서부터 라스베가스의 카지노, 외계 생명체를 연구하는 미국 정부의 비밀기지 '52 구역' 등을 거치며 '블루 몽키'의 비밀에 조금씩 접근해가는 디제이 일행. 그들의 활동 무대는 미국에 그치지 않고 파리의 루브르 박물관에서부터 아프리카 정글에 이르기까지 미국 유럽 아프리카 대륙을 종횡무진 휩쓸고 다닌다.