2032년 해체 위기에 놓인 공안9과, 즉 공각기동대는 테러리스트 '개별의 11명(Individual Eleven)' 사건을 발단으로 해체 위기를 넘긴다. 쿠사나기 모토코를 비롯한 공안9과가 사건을 파고 들자 내각정보청의 음모가 점점 모습을 드러낸다. 시로 마사무네 원작 만화 를 바탕으로, 이후 제작된 TV 시리즈 2기. 감독 오시이 마모루가 스토리 컨셉에 참여.