전후 일본, 블랙옥스라 불리우는 거대로봇이 도쿄를 강타한다. 정체는 바이오 컴퓨터로 유토피아를 건설하고자 하는 열망에 사로잡힌 어느 비운의 과학자 타쿠미 레이지가 만든 로봇이다. 타쿠미는 자신의 로봇 블랙옥스로 일본을 지배하고, 나아가 세계를 정복할 계략을 갖고 있다. 한편, 어릴 적 잃은 아버지에 대한 아픈 기억을 안고 있는 초등학생 쇼타로는 늘 꿈 속 특정한 장소에서 아버지를 만난다. 쇼타로는 늘 그 꿈에 대해 해석하고 싶어하지만..