뚱보 사장님의 지시를 받고 채석장 일을 하게 된 토마스는 한 번도 본 적 없는 초록색 기차 루크와 마주친다. 궁금한 건 못 참는 토마스는 루크가 과거에 자신이 저지른 커다란 사건 때문에 소더어섬에서 영원히 쫓겨 날까 봐 숨어 지낸다는 사실을 알게 된다. 이를 불쌍히 여긴 토마스는 루크의 과거에 뭔가 석연치 않은 비밀이 숨겨 있다고 생각하고 진실을 알아내려 한다. 그러던 어느 날 초록색 기차가 선착장에서 노란색 기차와 충돌하게 되면서 노란색 기차를 일부러 바다에 빠뜨렸다는 사실을 알게 되는데…