내용은 서기 1999년, 절해의 고도 ‘쿠니시섬’에 지어진 군사복합 연구소 ‘산사라’가 섬에서 미지의 에너지를 감춘 신 입자를 발견하여 그것을 응용해 위성 빔 병기를 개발. 통칭 ‘마루다 입자 빔포’로 이름 짓고 실험을 하던 도중. 다른 차원으로 향하는 공간을 만들어냈다가 정체불명의 물체를 회수하게 됐는데. 산사라 소속 연구원 하루카와 타쿠야가 목숨을 걸고 회수 작업을 했지만 상사인 가룬의 비인간적인 처사에 실망해 결국 타쿠야가 하루카를 비롯한 친구들을 남겨 두고 홀로 떠난 뒤. 그로부터 3년 후에 하루카로부터 도와달라는 편지를 받아 산사라에 돌아갔다가 벌어지는 이야기다.