우주세기 0093년, 행방불명된 줄 알았던 샤아 아즈나블은 네오지온의 총수가 되어 지구연방정부에 선전포고를 던진다. 지구연방의 론드벨 부대 소속이자 샤아의 영원한 라이벌 아무로 레이는 신병기 뉴 건담에 올라 그의 앞을 막아선다.