2012년 12월 도쿄. 해질녘까지 남아 이야기를 나누던 카미나 아야토와 미시마 하루카. 그들이 있는 교실에 편지를 손에 숨긴 아사히나 히로코가 들어온다. 하루카는 가족들과 만나 도쿄를 벗어난다. 그때, 기묘한 돔 형태의 반구가 나타나 도쿄를 뒤덮는다. 아야토의 상태가 걱정되는 하루카는 아야토의 이름을 부르짖지만 이미 도쿄는 격리되어버렸다. 그로부터 3년 후. 아야토는 그전과 아무런 차이없는 생활을 보내고 있었다. 도쿄밖의 세상은 모두 멸망했는다는 이야기와 함께 하루카의 존재조차 까맣게 잊어만 갔다. 그런 평온한 매일이 지속되던 중, 정체를 알 수없는 괴물체가 도쿄를 공격한다. 공격을 피하며 도망치던 아야토의 앞에 하루카의 환영이 나타난다. 환영에 이끌려 도착한 곳에는 시토 하루카라는 이름의 소녀가 있었다. 아야토가 또다른 하루카와 만난 그 순간, 세상은 예상치 못한 방향으로 움직이기 시작한다.