치즈마을 지하, 마을 사람들은 상상도 못할 존재들이 살고 있다. 그들은 바로 네모 반듯한 박스를 입고 다니는 귀여운 몬스터 박스트롤들과 박스를 쓴 인간 소년 에그. 비록 서로 생김새는 다르지만 태어난 직후부터 박스트롤들과 함께 자라난 에그는 그들과친 가족처럼 지내며 진정한 우정을 나누고 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 사람들에게 피해도 주지 않고 평화롭게만 지내던 박스트롤들에게 큰 위험이 닥치게 된다. 마을 사람들에게 가짜 영웅 행세를 하고 다니던 빨간 모자 일당의 공격을 받게 된 박스트롤들! 무시무시한 악당들의 음모로 인해 박스트롤은 목숨을 잃을 위험에 처하고, 에그는 박스트롤 가족들을 지키기 위해 용기 있는 모험을 시작하게 되는데…! 과연, 에그와 박스트롤들은 악당을 물리치고 다시 행복한 시간을 보낼 수 있을까?