전국시대 말, 강력한 카리스마로 혼란한 정국을 제압한 오다 노부나가는 숨어서 모든 정보를 장악하고 있는 닌자의 존재에 겁을 먹고 몰살을 명령한다. 몰살의 표적은 닌자의 최대 명문가인 '이가'. 무참한 살육전 속에서 가문의 후계자 쥬조는 살아남아 홀로 산 속에 은거하고 닌자들은 뿔뿔히 흩어진다. 10년 후 어느 날 옛스승 자에몽이 나타나 쥬조에게 최고 권력자 히데요시의 암살임무를 맡긴다. 가문을 몰살한 수뇌부에 복수하기 위해 임무를 받아들인 쥬조는 히데요시의 거처인 교토로 향한다. 그는 자신에게 접근한 창녀 고하기와 하룻밤을 보낸 후 그녀가 히데요시의 암살을 조종하고 있는 도쿠가와 이에야스의 심복이 잠입시킨 감시인이라는 사실을 알게 되는데...