외계 왕자에게 납치된 나츠미를 구하러 나선 케로로와 친구들. 서두르지 않으면 나츠미는 심해 왕국의 공주가 되어야 하는 운명이다. 다시 한번 지구를 구하기 위해 출동하는 케로로 중사의 위험천만한 두 번째 지구 모험기.