동학의 1대교주 수운 최제우가 혹세무민죄로 처형당하고, 2대교주 해월 최시형은 관의 추적을 받으면서도 동학을 널리 알리기에 여념없다. 민중생활은 더욱 궁핍해지고, 민중의 지지를 받던 동학이 계속 탄압 당하자, 해월은 혼자 태백산으로 숨고, 부인 손씨와 네 딸들은 전국에 조리돌림을 당하는 수모를 겪는다. 이 소식을 들은 해월은 부인이 죽었으리라 생각한다. 더 깊은 산중에 숨은 해월은 그를 돌보던 노인의 과부며느리 안동김씨와 결혼한다. 강시헌 선생과 재회한 해월은 다시 도주해서 동학의 경전을 출판한다. 그리고 죽은 줄 알았던 손씨부인과 재회하지만, 기쁨보다는 안동김씨를 생각하며 고민한다. 정부의 삼정문란은 날이 갈수록 심화되어, 민중들의 분노는 동학난으로 이어진다. 그리고 1898년 수많은 군중이 지켜보는 가운데 해월은 참형을 당한다.