어느 날 정체 불명의 미사일 공격으로 도쿄 도심과 임해부도심을 잇는 레인보우 브릿지가 폭파되는 사건이 발생한다. 포상휴가 도중 소집된 경비부 특차 2과 패트레이버 중대는 이 사건에 '그레이 고스트'가 사용되었음을 밝혀낸다. '그레이 고스트'는 보이지 않는 전투 헬기로 사건이 일어나기 3일 전 강탈당한 상태로 헬기의 조종사는 여성자위대로는 처음 전투헬기 조종자격을 취득한 하이바라 레이란 인물. 골치덩어리 패트레이버 중대의 고토다 대장은 이 사건을 해결하기 위해 특차2과 멤버들을 레이버 없이 적들의 기지에 불법으로 침투시키기에 이르는데... 도쿄를 위협하는 테러리스트를 막아라! ‘패트레이버’ 시리즈의 최종판! ** ’패트레이버’란? 로봇 형태의 중장비인 ‘레이버’가 산업 전반에 보급된 미래. ‘레이버’ 범죄를 전담하기 위해 결성된 부대. ‘순찰하다’라는 뜻을 지닌 ‘패트롤’(Patrol)과 ‘레이버’(Labor)의 합성어