나루토와 사스케가 인연의 대결을 결판 지었던 2년 후 아직 전하지 못한 마음, 그 숨겨온 마음의 행방은…? 전쟁이 끝나고 평화로운 나뭇잎 마을. 나루토는 이제 전쟁 영웅이 되어 마을의 인기를 한 몸에 받는 인기남이 되어 있다. 그런 나루토를 바라보는 히나타는 자신의 마음을 전하기 위해 남몰래 짠 목도리를 나루토에게 전하고 싶지만 아직 전하지 못하고 있다. 그때 갑자기 의문의 남자가 나타나고, 그는 “너희는 곧 멸망할 운명이다. 그 전에 히나타, 널 꼭 맞이하러 오지.”라는 기묘한 말을 남긴 채 사라진다.  육도선인의 동생은 달에 쫓겨가 살고 있는데 그의 후손인 오오츠키 토네루는 권력 암투와 대결에 집중하는 지구를 보고 육도선인의 지구는 이미 실패했다고 생각한다. 이제 토네루는 달과 지구를 충돌시켜 지구를 폭파하려고 하는데… 의문의 남자 정체는 차크라의 시초이자 과거에 나루토, 사스케와 사투를 벌였던 오츠츠키 카구야의 후손. 괴뢰군을 거느린 토네리가 나타나 압도적인 힘으로 나루토 일행을 물리치고, 히나타는 결국 그의 손에 넘어간다. 그 무렵 지상에서는 쏟아지는 운석을 막는 장렬한 방어전이 한계에 다다르고 있다. 마침내 드러난 ‘진정한 최종 계획’이란?! 다가오는 지구 최후의 날, 저마다 굽힐 수 없는 마음이 시간을 초월하여 격돌한다!