갑자기 나타난 거대 로봇이 핵연료 기지를 습격하여 국제과학기술청의 핵연료를 빼앗아간다. 이에 평소에는 평범한 청년들이 독수리 5형제로 변신하여 세계정복을 꿈꾸는 악의 조직 알렉터 일당에게 맞선다. 알렉터 일당은 매번 새로운 괴수를 보내어 습격하는데...