해변에서 펼쳐지는 톰과 제리의 평범한 나날은 그들이 세계적인 스파이 조니 퀘스트, 핫지 그리고 밴딧을 만나며 흔들리게 된다. 오랜 시간 퀘스트 가(家)의 적이었던 닥터 진이 닥터 벤튼 퀘스트가 세계의 에너지 문제를 해결할 기기를 개발했다는 것을 발견하게 되면서 그는 악한 고양이 군단을 보내 그것을 훔치고, 벤튼과 보디가드 레이스 배넌을 납치한다. 조니와 그의 새로운 친구들은 조니의 아버지와 세계를 구하기 위해 액션으로 가득한 작전을 벌여야 하는데...