고교 1학년 겨울, 스즈미야 하루히가 이끄는 SOS단원들은 전과 다름 없는 평범한 일과를 보내며 다가오는 크리스마스에는 부실에서 전골 파티를 열 계획을 세우고 있었다. 하지만 12월 18일 아침, 평소의 등굣길에서 쿈은 감기에 걸린 같은 반 타니구치와의 대화가 이상하게 어긋나는 것에 위화감을 느끼는데, 교실에 들어가니 독감이 유행이라며 많은 사람이 콜록대고 있었고 자신의 뒷자리의 하루히도 그 중 하나였다. 점심시간, 쿈은 구니키다와 점심을 같이 먹는데 타니구치와 마찬가지로 대화가 잘 되지 않고, 그 때 독감에서 회복됐다는 여학생들이 교실로 들어오는데 그 중 반년 전 나가토 유키와의 전투에 패해 소멸한 후 표면적으로는 캐나다로 전학간 것으로 된 반장 아사쿠라 료코가 분명한 자신의 뒷자리인 스즈미야 하루히의 자리에 앉는 게 아닌가!