우주세기 0079. 스페이스 콜로니 사이드 3은 지온 공국이란 이름을 내걸고 지구연방에 대하여 독립전쟁을 일으킨다. 연방군이 비밀리에 개발 중인 모빌슈트를 노린 지온의 샤아 아즈나블은 스페이스 콜로니 사이드 7을 급습하고, 평범한 소년 아무로 레이는 아버지가 개발하고 있던 모빌슈트 건담에 우연히 탑승해 지온군을 격파한다. 건담의 위대한 전설이 이제 시작된다.