1954년 이후, 연이은 고지라의 공격으로 인해 피폐해진 일본은 수도를 도쿄에서 오사카로 옮겨 고지라를 자극하지 않을 새로운 에너지 개발에 고심하지만, 총리의 명령으로 극비리에 시도한 플라즈마 발전 에너지를 감지한 고지라에 의해 오사카가 습격당한다. 당시, 자위대 특수부대원들이 필사적으로 고지라에 대항해보지만 역부족이었고, 이 때 당시 자위대 특수부대의 생존자였던 츠지모리 키리코는 대 고지라 섬멸조직인 G 그래스퍼의 대장으로 취임하게 되고, 상부조직인 G 대책본부에서는 고지라를 통째로 소멸시키기 위한 블랙홀 병기 ‘디멘션 타이드’의 개발이 이루어지게 된다. 그리고 디멘션 타이드의 완성을 위해, 아키하바라 상점가에 틀어박혀 있던 젊은 천재과학자 쿠도를 초빙한다.