C.E.(Cosmic Era)70년, ‘피의 발렌타인’의 비극으로부터 시작된 무력충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이러한 전란 속에서 신 아스카는 지구연합군의 오브 침공에 휘말려 피난 도중 눈앞에서 부모님과 여동생을 잃게 된다. 유일하게 남은 동생의 유품인 휴대폰을 움켜쥐고 슬픔에 잠겨 있던 그의 머리 위로, 이 전쟁의 원흉인 모빌 슈트 건담이 날아간다. 실의에 빠진 채 플랜트로 망명한 신 아스카. C.E. 73년, 그는 자프트의 병사가 되어있었다. 한편, 오브의 수장 카가리 유라 아스하는 플랜트 최고 평의회 의장, 길버트 듀랜달과의 극비 회담을 위해 자프트의 신 공장인 아모리원을 방문하는데… 그때 갑자기 울리는 경보! 그들 앞에 수상한 무리가 나타난다.