C.E.(Cosmic Era) 70년, '피의 발렌타인'의 비극으로 인해 격화된 전쟁과 혼란의 시대. 전쟁은 교착상태에 빠져 어느덧 11개월이라는 시간이 흘렀다. 더 나은 미래를 위한 신인류 '코디네이터'의 탄생, 그 속에 숨겨진 충격적인 비밀이 밝혀지고... 길고 길었던 전쟁의 끝, '키라 야마토'와 '아스란 자라', 두 사람의 마지막 여정을 향해...