C.E.(Cosmic Era) 70년, '피의 발렌타인'의 비극으로 인해 격화된 전쟁과 혼란의 시대. '키라 야마토'는 전장에서 운명처럼 자프트 군의 파일럿이 된 옛 친구 '아스란 자라'와 재회하고, 각자의 정의를 위해 끊임없이 격돌한다. 죽고 죽이는 전쟁의 비극 속, 복수의 끝에 남는 것은 무엇인가. 평화를 향해 그들이 선택한 길은?