초등학생인 사토루는 누나와 함께 야구를 하러 나갔다가 시냇가에서 신장 17센티의 작고 늙은 무사를 돕게 된다. 사토루는 깊은 바다 속에서부터 왔다고 주장하는 이 작은 무사와 함께 색다른 경험과 자연을 배운다. 학교캠프에 참가한 사토루, 산속으로 들어갔다가 그만 지진으로 인해 길을 잃고 폭우 속에 조난을 당한다. 그런 사토루를 구하기 위해 허겁지겁 뛰어오는 자가 있으니, 실신하기 직전인 난쟁이 무사다.