19세기 말 일본, 아이누 마을의 소년 지로는 가족이 살해당한 걸 발견한다. 그러나 마을 사람들은 지로가 가족을 죽였다고 생각하고, 지로는 그때부터 도망자 신세가 된다. 이후 닌자의 비술을 익히며 성장한 지로는 진짜 살인범을 찾아 떠난다.