바람 축제에 온 지우와 피카츄. 이브이를 찾는 리사와 새로 만난 친구들과 함께 하던 중, 갑자기 모든 바람이 사라지고 정체를 알 수 없는 검은 연기가 마을을 뒤덮는다. 사람과 포켓몬 모두가 위험해질 위기가 찾아오자, 바람을 되찾기 위해 지우와 피카츄, 리사와 이브이, 라르고, 카가치, 히스이, 토리토의 모두가 함께하는 기적 같은 이야기가 시작된다.