페르소나 센추리 사는 지구상의 거의 모든 토지를 매입했다. 기업 내에서 불화는 용납되지 않으며 페르소나를 반대하는 사람들은 신속하게 처리된다. 아직 페르소나의 지배하에 있지 않은 몇 안 되는 장소들 중에는 "도쿄의 어두운 면"으로도 알려진 가부키초의 자유 마을이 있다. 마을 안에는 마이라는 이름의 여성이 이끄는 메시아라는 작은 저항 단체가 있다. 가부키쵸의 별명 다크사이드를 딴 남자가 이 세상에 발을 들여놓는다. 18년 전 페르소나 센추리에 의해 다른 차원에 봉인된 다크사이드는 이제 그의 독특한 신비로운 갱신력을 사용하여 메시아를 돕기 위해 돌아온다.