쌍둥이 동생 대신 대학의 소립자 물리학 세미나에 참석하게 된 기이치는, 교수로부터 휴교 중인 천재 소녀 사라카를 데려오라는 지시를 받는다. 어쩔 수 없이 사라카의 집을 방문한 그는 그녀에게 "우주를 만들 수 있을까?"라는 궁극의 의문을 던지게 된다. 그 질문에 흥미를 느낀 사라카는 다음날 세미나에 나타나게 되는데...