어느 날 갑자기 세균성에 나타난 크룽. 하지만 크룽은 자신이 누구인지 어디에서 왔는지 아무것도 모르고 있었다. 그리고 마을엔 검은 별이 떨어지는 이변이 생긴다. 생명의 별들의 고향에 무슨 일이 생긴 것이라 생각한 잼아저씨는 호빵맨과 크룽, 모두를 데리고 생명의 별들의 고향으로 향한다. 하지만 그들의 앞을 세균맨이 만들다 실패한 로봇들이 가로막는데…