2059년, ‘마크로스 프론티어’는 미지의 생명체 ‘바쥬라’의 공격을 받고 치열한 사투를 벌인다. 그로부터 몇 개월 후, 란카 리는 스타가 되어가고 셰릴 놈은 마지막 목표를 향해 나아간다. 사오토메 알토는 발키리 파일럿으로 성장하지만, 이들의 평화로운 일상은 오래가지 않는다.