전 세계의 이목이 집중된 1972년 뮌헨올림픽. 모두가 스포츠의 환희와 감동에 열광하는 가운데 끔찍한 인질 사건이 발생한다. 이 사건은 전 세계에 TV로 생중계가 되고, 팔레스타인 무장 조직 ‘검은 9월단’은 인질로 잡았던 이스라엘 선수단 11명을 살해한다. 전 세계는 엄청난 충격과 혼란에 휩싸이고, 팔레스타인은 이제 세계가 그들의 목소리로 귀기울이게 되었다고 자축한다. 하지만, 팔레스타인에 대한 보복을 결심한 이스라엘은 ‘검은 9월단’이 했던 것처럼 세계인의 이목을 끌 수 있는 비밀 공작을 준비하게 되고…. 이스라엘 정보기관 ‘모사드’는 최정예 요원들을 소집, 기록조차 없는 비밀 조직을 만들고 ‘검은 9월단’에 대한 복수를 명령한다. 조국애가 깊은 ‘모사드’ 출신 비밀 요원 ‘애브너(에릭 바나)’를 리더로 도주, 폭발물, 문서위조, 뒷처리를 담당하는 전문가들로 암살팀을 구성한다. 뮌헨 사건의 배후 인물로 지목된 팔레스타인인은 모두 11명. 이스라엘 비밀 요원들은 이들을 한 명씩 찾아내 치밀한 복수를 시작한다. 하지만 그들은 목표물을 제거할수록 조국의 임무와 복수의 정당성 사이에서 고민하기 시작하고, 살인에 대한 죄책감을 느낀다. 동시에 자신들 또한 누군지 모르는 암살팀의 표적으로 쫓기게 되는 아이러니한 상황에 빠져든다. 애브너와 비밀 요원들은 점점 더 큰 두려움과 죄책감에 사로잡혀가는데….