타임 재커의 역사 개입으로 세계는 휴머기어에 인간이 지배되는 구도로 바뀌고 만다. 히덴 아루토는 황폐한 세계에 당혹감을 숨길 수 없지만, 거기에 추격을 가하듯이 휴마기어 윌 / 어나더 제로원의 존재에 의해서 제로원의 힘이 없어지고 만다. 원래의 세계를 되찾기 위해 가면라이더로서의 기억이 되살아난 토기와 소고와 함께, 아루토는 모든 것의 시작일인 12년 전으로 향한다. 그러나, 그런 아루토 앞에, 12년 전의 큰 사고 「데이 브레이크」에 휘말려 목숨을 잃었을 아버지 · 히덴 소레오가 나타난다.