「신이 6일 만에 세계를 창조했다면 나는 60분 만에 그것을 파괴하고 낙원을 창조할 것이다.」 갑자기 모습을 드러낸 수수께끼의 사나이 에스/ 가면라이더 에덴은 동참하는 수천 명의 신자들과 함께 전 세계 동시다발 테러를 일으킨다.사람들이 차례차례로 쓰러져, 온 세상이 혼란에 빠지는 가운데, 에스를 멈추기 위해 일어서는 히덴 아루토. 후와 이사무, 야이바 유아, 아마츠 가이, 나아가 멸망신뢰.net의 진 과 호로비도, 가면라이더가 되어 적과 싸우며 진상을 규명하고자 분투한다. 과연 압도적인 강점을 보이는 에스의 정체와 에스가 정조준한 낙원이란 도대체 무엇을 의미하는가? 인간과 AI의 울타리를 넘어 60분 만에 세상을 구해내라!