대학생이 되고 홀로 도쿄 생활을 시작한 주인공은 친구도 여자친구도 없는 학교생활이 끔찍하고 지루하기만 하다. 이런 꿈도 희망도 없는 인생에 의문의 사나이 ‘맨인블랙’이 나타나면서 완전히 달라진다. 두 사람은 허름한 극장에서 영화를 보며 유치한 장난을 치기 시작하고, 가벼웠던 장난은 ”도쿄불바다 작전”이라는 이름으로 점점 과격하게 변질되어 간다.