{공포의 시대에...예언자들은 마의 여왕 바브몰다(Queen Bavmorda)를 멸망시킬 한 아이의 탄생을 예언했다. 영토의 모든 임산부들을 한데 모아, 악의 여왕은 태어나는 아기들을 모두 없애라는 명령을 내렸다.} 노크밀성에 사는 악의 여왕 바브몰다(Queen Bavmorda: 진 마쉬 분)는 자기를 압도할 특별한 아기가 태어나리라는 예언이외에는 두려운 것이 없다. 예언의 아기를 데리고 산모가 도망쳤음을 안 그녀는 딸 소샤(Sorsha: 조안 휄리 분)와 카엘 장군(General Kael: 팻 로치 분)에게 잡아오라고 명령한다. 난쟁이들만이 모여 평화롭게 살고 있는 네르윈 부락의 윌로우는 우연히 마을 입구에서 아기를 발견한다. 매드마티칸의 꼬임에 아기를 넘겨주지만, 요정의 여왕 첼린드리아(Cherlindrea: 마리아 홀보 분)가 기적의 아기 에로라를 자기에게 맡기려는 것임을 깨달은 윌로우는 에로라를 데리고 아스린으로 향한다. 평화를 되찾으려는 첼린드리아가 바브몰다의 마법으로 아스린에 유배된 레지엘(Fin Raziel: 패트리시아 헤이스 분)에게 마술 지팡이를 갖다주라고 부탁했기 때문이다. 다시 수수께끼의 인물 매드마티칸(Madmartigan: 발 킬머 분)을 만나 아스린에 가지만 레지엘은 이미 마법에 걸려 있고 윌로우 일행은 소야와 카엘에게 잡힌다. 간신히 탈출하나 아기를 잃은 윌로우는 레지엘의 마술을 풀어준 뒤 노크밀 성으로 향한다. 결전의 날, 윌로우와 레지엘은 에로라의 처형이 행해질 바브몰다의 의식탑에 잠입한다. 불꽃튀는 바브몰다의 위세에 레지엘과 윌로우는 일순 무력해지는데...