1년 전쟁이 종결된지 3년, 지구연방군은 당시 큰 전과를 올린 건담의 후속 프로젝트를 진행한다. 그러나 테스트 개발 중이었던 두 기의 모빌슈트가 지온군의 잔당 조직에게 탈취되는 사고가 발생하는데...