음악은 사람의 마음을 비추는 빛, 갑자기 세계는 그 '빛'을 빼앗기게 된다. 하늘에서 검은 운석인 '흑야운철'이 떨어진 날 밤, 세계는 변모했다. 검은 운석에서 생겨난 이형의 괴물 'D2'가 대지에서 사람들을 유린하기 시작했다. D2는 인간이 연주하는 선율에 끌려 나타났고 이윽고 '음악' 자체가 금기가 됐다. 하지만, 그 괴물에게 저항하는 자들이 나타난다. 음악의 힘으로 싸우는 소녀들 '무지카트'. 그녀들은 인류사에 남을 위대한 가극, 악곡의 악보를 몸에 깃들이고 D2를 격파하는 힘으로 사용했다. 그리고 그녀들을 지휘하고 이끄는 '컨덕터'. 2047년 D2와의 항쟁에 의해 황폐화된 미국. 컨덕터 '타쿠토'는 무지카트 '운명'과 함께 뉴욕을 향해서 여행을 하고 있었다. 음악을 잃어버린 세계에서 음악을 갈망하는 '타쿠토', D2의 섬멸을 바라는 무지카트 '운명'. 소년과 소녀가 만들어내는 선율은 환희인가 절망인가.