닌자는 존재하지 않는다고, 우리들은 생각하고 있다. 가령 닌자가 존재한다고 해도, 닌자는 그 모습을 우리 앞에서 드러내는 일은 없다. 그렇기에 닌자는 '표면적으로는' 존재하지 않는 것이다. 주인공인 사쿠라바 잇토키는 우리들처럼 닌자가 존재하지 않는다고 생각하는 평범한 남자아이였다. 그에게는 평소와 같은 행복하고 반짝거리는 나날이 약속되어있을...터였다. 어느 날, 잇토키는 목숨을 위협받았고 그것이 코가 닌자들의 소행이라는 사실을 듣게 되었다. 잇토키가 목숨을 위협받게 된 이유는... 그가 유서 깊은 이가 닌자 제19대 정통 후계자였기 때문이었다. 이가와 코가가 오랜 세월 대립해 온 가운데 코가가 이가를 침략하려고 하는 상황. 그런 상황 속에서 잇토키가 살기 위해선 스스로 닌자가 되는 수밖에 없었다. 그렇게 아무것도 모르는 닌자의 세계에 몸을 던지게 된 잇토키. 어엿한 닌자가 되기 위해 배우고, 싸우고, 고난과 맞선다. 하지만 그것은 잇토키가 겪게 될 가혹한 운명의 예고에 불과했는데.