C.E.(Cosmic Era)70년. ‘피의 발렌타인’의 비극으로 인한 지구와 플랜트 간의 긴장감이 무력 충돌로 발전된 가운데, 지구군의 승리로 예견되었던 전쟁은 교착상태에 빠져 어느덧 11개월이라는 시간이 흘렀다. 중립국 오브의 헬리오폴리스에서 평화로운 일상을 보내던 소년 키라 야마토는 평소처럼 방문한 세미나에서 자프트에 의한 건담 탈취 작전에 휘말리게 되고 그곳에서 자프트 군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란과 운명적인 재회를 하며 새로운 갈등을 마주한다.

《기동전사 건담 SEED DESTINY》는 선라이즈에서 제작한 일본의 TV 애니메이션이다. 《기동전사 건담 SEED》의 속편으로 2004년 10월 9일부터 2005년 10월 1일까지 마이니치 방송과 도쿄 방송을 통해 방영되었다. 그러나 전작과는 달리 대한민국에서는 미방영. C.E.(Cosmic Era)70년, ‘피의 발렌타인’의 비극으로부터 시작된 무력충돌은 막대한 희생을 낳았고, 제 2차 야킨 두에 공방전을 끝으로 마침내 자프트와 지구연합 간의 정전 조약이 체결되었다. 하지만 이 조약만으로 그들 사이의 전쟁의 씨앗이 완전히 사라진 것은 아니었다. 이러한 전란 속에서 신 아스카는 지구 연합군의 오브 침공에 휘말려 피난 도중 눈앞에서 부모님과 여동생을 잃게 된다. 유일하게 남은 동생의 유품인 휴대폰을 움켜쥐고 슬픔에 잠겨 있던 그의 머리 위로, 이 전쟁의 원흉인 모빌 슈트 건담이 날아간다. 실의에 빠진 채 플랜트로 망명한 신 아스카. C.E. 73년, 그는 자프트의 병사가 되어있었다.