자연재해로 황폐해진 근미래의 지구. 해저에서 발견된 수수께끼의 거대 유적 오르판(オルファン)을 둘러싸고, 세계는 혼란과 전쟁에 휩쓸리고 있었다. 오르판을 부상시켜 우주로의 진출을 노리는 리클레이머는 오르판에 호응하여 세계 각지에서 출현한 플레이트를 리바이벌시켜 거대인형병기 그랜처를 탄생시키고, 전력의 확대를 도모했다. 리클레이머를 지도하는 이사미 패밀리의 일원 이사미 유우는 동료 카난 기모스와 함께 플레이트 회수 임무를 맡고 있었다. 그 때, 플레이트의 리바이벌이 시작되어 그랜처의 숙적 브레인 파워드가 탄생된다. 우연히 마침 거기에 있던 고아 소녀 우츠미야 히메가 브레인 파워드(히메브레인)와 마음이 통하는 모습을 보고, 유우는 어떤 결심을 다진다. 그로부터 세월이 흘러, 부상을 개시한 오르판에 의해 사태는 슬슬 심각해져갔다. 반복되는 지진과 쓰나미에 의해 해안도시 기능은 마비되고, 다수의 인류는 난민이 되어있었다. 히메는 히메브레인과 함께 리클레이머에 대항하고자 UN 주도로 건조된 신예함 노비스 노아의 일원이 되어있었다. 그런 히메의 앞에 하늘색 브레인 파워드(유우브레인)에 탑승한 유우가 나타난다. 유우는 오르판 내에서 폐쇄되어있던 브레인 파워드와 마음을 맞춰 오르판에서 뛰쳐나온 것이었다. 유우는 할머니 나오코도 태워서 노비스 노아에 영입했으며, 유우를 좇아온 카난도 합세한다. 하지만 집안에서 배신자가 나온 것에 분노한 유우의 누나 퀸시 잇사(이사미 이이코)는, 유우를 라이벌시하는 조나단 그레인과 함께 인정사정없는 추격전을 거듭했고, 싸움은 격화 일로를 달린다. 사람들의 뜻이 여러가지로 교차하는 가운데 계속 부상하던 오르판. 나오코, 미도리, 이이코 3세대에 걸친 뿌리깊은 확집으로 인해 집안끼리 분쟁하게 된 이사미 패밀리. 한 편, 생이별한 자식을 생각하는 노비스 노아의 함장 아노아 맥코믹과 어머니의 애정을 받지 못하고 비뚤어진 어른이 되어 집념을 품은 조나단의 부모. 두 쌍의 가족의 인간 군상을 축으로 하여 이야기는 전개된다.