인류가 해상권을 잃어버린 세계에서 '심해서함'은 적이다. 이것에 대항하는 해 뜨는 곳에 있는 함대의 영혼을 가진 소녀들, 통칭 '칸무스'. 그리고 심해서함에 대항하는 함대의 거점 '진수부'. 이곳에서 칸무스는 공동생활하며 매일 연습을 한다. 어느 날, 진수부에 특형 구축함 1번함 후부키가 부임하게 되는데...... 후부키와 칸무스들의 이야기 시작!