홈랜더 통치하의 미국. 고돌킨 대학의 새 학장은 더 강력한 학생 양성을 위한 교육을 한다. 케이트와 샘은 히어로가 되고, 몇 달간 트라우마를 겪은 마리, 조던, 에마는 학교로 돌아온다. 인간과 슈퍼히어로 사이에 전운이 감돌고, 학생들은 어쩌면 현재에 큰 영향을 끼칠지도 모르는 60년대 비밀 프로그램의 존재를 알게 된다. 마리는 얼떨결에 그 프로그램에 휘말린다.