하늘에서는 독을 품은 비 ‘블루시스트’가 내리고, 인간은 '신월의 눈물'로 알려진 대재앙을 피해 지하로 들어간다. 100년 후, 인류는 다시 지상으로 올라와 새 시대를 열고, 엔더스의 끝없는 위협 속에서 신형 도시 '네스트'와 AI 휴머노이드 '메이거스'를 구축한다. 시간이 흘러 때는 바야흐로 2242년, 드리프터가 되길 꿈꾸는 '카나타'는 폐허가 된 박물관에 잠들어 있는 신비로운 메이거스 '느와르'를 발견한다. 불량품으로 여겼던 느와르는 사실 드리프터라면 누구라도 원할 뛰어난 전투 능력의 소유자, 그렇게 둘의 운명은 엮이기 시작한다.