2040년 인류 최초의 이민 행성 에덴. 7년 전 소꿉친구 ‘뮹’을 두고 서로를 등지게 된 ‘이사무’와 ‘걸드’는 통합 우주군의 차세대 주력 가변전투기 선정 프로젝트를 통해 재회해 각각 YF-19 와 YF-21의 테스트 파일럿으로 치열한 경쟁을 펼치게 된다. 한편, ‘뮹’이 프로듀스한 버추얼 아이돌 ‘샤론 애플’은 완벽한 무대로 모두의 마음을 사로잡으며 마크로스 시티를 지배한다. 하지만 불완전한 인공지능 ‘샤론 애플’의 음모로 ‘뮹’은 목숨의 위기에 처하고 ‘이사무’와 ‘걸드’는 ‘뮹’ 을 구하기 위해 ‘샤론 애플’ 이 조종하는 최신예 무인 전투기에 맞서는데…