서기 2045년. 새로운 마크로스급인 7번함 마크로스 7을 중심으로하는 제37차 초장거리 이민선단은 또다른 이민행성을 찾아 은하를 떠돌고 있었다. 그러던 중, 정체불명의 적 바로타군의 기습을 받게되고, 그들은 '스피리치아'라고 부르는 생명 에너지를 흡수해간다. 스피리치아를 빼앗긴 사람들은 살아갈 의지 그 자체를 잃어버리게 되고 종국에는 생명활동마저 정지되고 만다. 마크로스 7은 군을 파견해 바로타군에 응전하지만, 그 가운데 락맨드 'FIRE BOMBER'의 보컬 넥키 바사라가 VF-19를 타고 뛰어든다. 싸움은 가치가 없다고 말하며 전장 한복판에서 노래를 부르는 바사라는 군의 눈엣가시처럼 여겨져, 엘리트 파일럿 감린 키자키의 원성을 사게된다. 하지만 그가 노래를 반복할수록 스피리치아를 잃은 사람들 그리고 바로타군의 파일럿들 마저 그의 노래에 매료되기 시작한다.