천재 외과의 아버지에게 의술을 배운 10살 소녀 Dr. 초콜릿. 그는 아버지의 연수의였던 노다 테츠야와 의료팀을 꾸려 어둠의 수술을 의뢰받는다. 단, 현금 1억 엔과 비밀 유지계약, 초콜릿을 제공한다는 조건으로.