평화로운 타츠미야 섬. 어릴 적 아이들은 어느 날, 갑자기 "당신은 거기에 있습니까?"라고 말하는 음성 신호를 받게 된다. 뭔지 몰랐던 아이들은 "네. 여기 있습니다."라고 대답했다. 그리고..... 주인공 마카베 카즈키는 과거의 어떤 일을 계기로 소원해진 친구 미나시로 소우시와 토오미 마야 등과 함께 평범하고 평화로운 일상을 살고 있었다. 그러나 갑자기 미지의 적 페스툼이 쳐들어온다. 페스툼의 맹렬한 공격 가운데 카즈키 앞에 나타난 거인 파프너. 카즈키는 살기 위해 파프너에 타게 된다. 그리고 지옥 같은 전쟁으로 뛰어들게 되는데….