『그리자이아의 과실』부터 몇 년 후… 과거 소녀들의 정원이었던 「미하마 학원」은 국방을 담당할 인재를 길러내는 SORD[2][직역](소드) 훈련학교로 거듭났다. 권총을 사용하는 레나&마키, 저격이 특기인 토우카&메구미, 폭탄과 정보처리 담당 크리스티나, 첩보활동 담당 닌자 무라사키. 그녀들은, 경찰이나 자위대가 해결할 수 없는 사건을 겪으며, 위험한 활동을 반복한다. 이것은, 피와 초연으로 물든 소녀들의 이야기──