초능력이 과학에 의해 해명된 세계. 초,중,고, 대학이 몰려있는 ‘학원도시’는 초능력 개발을 필수 교육과정으로 지정하고 있기 때문에, 이곳 학생들은 초능력 지수로 능력을 평가받는다. 하지만 주인공 토우마는 신체검사에서 무능력자로 분류되어 하루하루 무의미하게 살고 있다. 그런 토우마 앞에 어느날 수녀복장을 한 소녀가 나타난다. 소녀는 자신의 이름이 금서목록(인덱스)이라며 마술사에 쫓기고 있다고 하고, 토우마는 과학과 마술이 교차하는 이세계로 빠져들게 되는데…