산마리노 공화국의 명가에서 태어나, 이탈리아 최대급 호텔 체인을 운영하는 로셀리니 재벌의 젊은 회장이면서, 슈퍼모델 등으로도 활약하는 유명인 레베카가 유괴 되었다. 범인은 레베카의 열광적인 팬으로, 그녀에게 자신과의 결혼을 재촉하며 그녀가 타고 있던 열차를 제어불능 상태로 만들어 버린다. 한편 루팡은 '어떤 보물'을 노리고 그녀를 쫓고 있었고, 결국 무슨 업보인지 제니가타와 함께 열차에 감금된 레베카를 구해내기 위해 폭주열차와 카 체이스를 하는 처지에 놓인다. 하지만 사실 이 모든 것은 누군가에 의해서 계획된 것이었는데...

이탈리아를 무대로 했던 지난 시리즈가 끝나고 2년. 루팡과 동료들이 돌아왔다! 루팡 3세와 지겐 다이스케가 있는 프랑스의 어느 시골 마을. 그곳의 한 아파트에서 드라마가 시작된다. 마약이나 총 같은 불법적인 물건까지 포함해 뭐든 살 수 있다는 다크 웹, 마르코 폴로. 루팡 일행은 그곳의 디지털 화폐를 훔치기 위해, 엄중한 감시를 뚫고 거대 서버 시설에 침입하고, 그곳에서 수수께끼의 천재 소녀 아미와 만난다. 루팡은 아미와 함께 마르코 폴로의 함정에 맞서지만, 적이 내세운 루팡 게임 때문에, 전세계 사람들에게 감시당하게 되는데.. 서서히 밝혀지는 아미의 비밀과 루팡의 과거를 알고 있는 사내의 등장. 루팡은 전에 없는 궁지에 몰리게 된다!